すぐ購入したいのならオススメできませんが、play-asia.comをチェックしてみてください。
アメリカにも発送可能なゲームソフトや関連商品を取り扱っているサイトです。
また日本以外にも韓国や中国、アメリカのソフトも取り扱っているので買い物するには便利だと思います。

ご参考になれば幸いです。

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遅すぎたらすみません。
イーストビレッジ、６th　street between 2nd and 3rd Avenueにあるゲームストア（名前は忘れました。3rd avenueにより近いはず）が少し取り扱っていたと思います。
また、チャイナタウンのElizabeth street沿いにあるゲームストア（またまた名前がわかりません）でも取り扱いがあります。
アバウトな回答で申し訳ありませんが、お役にたてば参考にしてください。
良い旅を！

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NY、パブリックライブラリーのすぐ近くにBOOK OFFがあり、そこでごくわずかですがソフトが売っています。
詳しくは見たことが無いのですが、ポケモン不思議のダンジョンが売っていた記憶はあります。
値段や、新品・中古に関しては分かりません…。

ちなみに日本のゲームソフトは売っていませんがロックフェラーセンターの近くにNINTENDO WORLD、SUBWAYのロックフェラーセンターの駅内（？）にもゲームソフトが売っているお店があります。

参考までに…

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